第一册
　新書十卷二冊  清乾隆間刊本　漢‧賈誼 撰
　申鑑五卷一冊  明刊本　漢‧荀悅 撰
　中論二卷二冊  明弘治十五年黃紋刊本　漢‧徐幹 撰
　孔子集語二卷二冊  明范欽刊天一閣叢書本　宋‧薛據 纂
　大明仁孝文皇后內訓不分卷一冊  明刊本　明‧仁孝皇后撰
　困知記二卷續二卷三續一卷附錄一卷續補一卷三冊 明嘉靖間刊增修本 　明‧羅欽順 撰
第二册
　願學編 二卷四冊  明嘉靖三十四年梁高刊本　明‧胡纘宗 撰
　思菴野錄三卷附賓興綵旗聯一卷三冊  清咸豐間武鴻模刊本　明‧薛楹撰
　盱壇直詮二卷四冊  明萬曆三十七年程開祜刊本　明‧曹胤儒 編
　鑑諟齋集選 不分卷一冊  明石厓鈔本　佚名 撰
　就正録一卷附東林書院會語一卷一冊 　 清初華希閔劍光閣刊本　明‧高攀龍 撰
　經世石畫三卷二冊    明崇禎間刊辛復元先生著述六種本　明‧辛全輯
第三册
　講武要略十七卷首一卷附一卷四冊    明萬曆四十八年張五典等刊本　明‧戚繼光撰/徐九章刪訂
第四册
　武經直解十二卷六冊(收錄於第4、5冊)  明崇禎十年刊本
第五册
　武經直解十二卷六冊(收錄於第4、5冊)  明崇禎十年刊本
第六册
　唐太宗李衛公問對直解三卷三冊    明萬曆九年莫與齊刊武經直解本　明‧劉寅 解
　李衛公問對二卷尉繚子 二卷一冊  清咸豐十一年鈔本　清‧許鋐 校注
　黃石公三略不分卷長短經不分卷一冊  許氏稿本　題 漢‧黃石公撰/長短經　唐‧趙甤撰/清‧許鋐校注
　農書三十六卷十二冊  明嘉靖九年山東布政使司刊本　元‧王禎 撰
　泰西水法六卷二冊  明萬曆間刊天學初函本　明‧熊三拔撰/李之藻訂正
第七册－第二十四册
　大德重校聖濟總錄存二百卷一百二十二冊(收錄於第7-25冊)     日本鈔本　宋‧徽宗 撰
第二十五册
　大德重校聖濟總錄存二百卷一百二十二冊(收錄於第7-25冊)    日本鈔本　宋‧徽宗 撰
　素問入式運氣論奧三卷黃帝內經素問遺篇一卷二冊    明刊本　宋‧劉溫舒 撰/明‧田徑 校
　類證註釋錢氏小兒方訣十卷四冊  明刊本　宋‧錢乙 撰/明‧熊宗立 注
　診家樞要一卷一冊  明天順七年宋宗魯刊本　元‧滑壽 撰
　難經本義二卷二冊  明成化間刊本　元‧滑壽 撰
第二十六册
　活人心二卷二冊  明刊本　明‧朱權 編
　醫經小學六卷三冊  明正統三年陳有戒刊本　明‧劉純 撰
　醫說續篇十八卷十冊  明隆慶三年曹灼刊本　　明‧周恭 輯
　纂圖方論脉訣集成四卷四冊  元至正九年廬陵竹坪書堂刊本　　晉‧王叔和 撰
第二十七册
　醫林類證集要十卷四十冊(收錄於第27-28冊)  朝鮮銅活字本　明‧王璽 輯
第二十八册
　醫林類證集要十卷四十冊(收錄於第27-28冊)  朝鮮銅活字本　明‧王璽 輯
　銅人針灸經 七卷一冊  明平陽府刊本　佚名 撰
　玉機微義五十卷目錄一卷六冊  明正統四年陳有戒刊本　明‧徐用誠 撰/劉純增 輯
第二十九册
　丹溪先生金匱良方三卷三冊  明弘治十六年安正堂刊本　明‧戴原禮 校正
　活幼便覽不分卷四冊  明正德五年刊本　明‧劉錫撰
　(新編)證類圖註本草四十二卷上五卷十六冊  元刊本　明‧劉信甫校正
　素問病機氣宜保命集三卷一冊  明宣德六年朱權刊本　金‧劉完素 撰
　難經校訂識略一卷一冊  稿本　清‧姚凱元 撰
第三十册
　黃帝內經素問校議六卷存四卷四冊  稿本    存卷3-6　清‧姚凱元 撰
　金匱要略繹註三卷三冊  清雍正間鈔本　清‧延陵居士 註
第三十一册
　月離曆指四卷四冊  明刊崇禎曆書本
　書學會編六卷四冊  明天順六年刊增修本　佚名 編
　皇宋書錄三卷一冊  清乾隆間鈔本　宋‧董史撰
　書苑菁華二十卷八冊  明范大澈臥雲山房鈔本　宋‧陳思撰
　寶章待訪録不分卷一冊  明鈔本　宋‧米芾撰
　徐籀莊手寫海儀閣古印考釋一卷一冊  民國六年印本　清‧徐同柏撰
第三十二册－第三十四册
　帖目稿不分卷二十四冊(收錄於第32-34冊)  清光緒間稿本　清‧楊守敬撰
　帖目稿不分卷二十四冊(收錄於第32-34冊)  清光緒間稿本　清‧楊守敬撰
　帖目稿不分卷二十四冊(收錄於第32-34冊)  清光緒間稿本　清‧楊守敬撰
第三十五册
　子華子二卷二冊  明萬曆三十年緜眇閣刊先秦諸子合編本　　周‧程本撰
　風俗通義四卷一冊  明吳琯刊古今逸史本　漢‧應劭撰/明‧吳琯校
　讀呂子筆記補訂三卷一冊  清道光間吳氏稿本　清‧查慎行撰  清‧吳昂駒纂
　李涪刊誤 二卷一冊  宋刊本　唐‧李涪撰
　日損齋筆記 一卷一冊  明鈔本　元‧黃溍撰
　梅瑞軒求是偶鈔 一卷 蠡說漫錄 一卷一冊     清道光間稿本；本書依《梅瑞軒求是偶鈔》入經部總義類　清‧茆泮林撰
　石林避暑錄四卷四冊  明萬曆間項德棻宛委堂刊本　宋‧葉夢得撰
第三十六册
　湛淵靜語二卷一冊  知好樂齋鈔本　元‧白珽撰周暕編
　霏雪錄不分卷四冊    明成化二十年胡謐刊弘治元年張文昭重訂本　明‧鎦績撰
　困學齋雜錄不分卷二冊  明嘉靖二十七年袁表陶齋鈔本　元‧鮮于樞撰
　南園漫錄 十卷一冊  明純白齋鈔本　明‧張志淳撰
　里中記述不分卷四冊  清鈔本　清‧沈徵佺編
第三十七册
　古源山人二論八卷三冊  明嘉靖間李謙然刊本　　明‧李呈祥撰/李謙然校
第三十八册
　大雅堂訂正精騎錄 一卷一冊  明刊大雅堂訂正枕中十書本　明‧李贄撰/袁宏道校
　暇老齋雜記 四卷一冊  明崇禎間刊本　明‧茅元儀撰
　汪梅村筆記不分卷四冊  稿本　清‧汪士鐸撰
　西清硯譜不分卷二冊  清內府寫繪本　佚名 編
第三十九册
　碎金  一卷  明刊本　佚名撰
　異物彙苑五卷二冊  明刊本　明‧王世貞撰
　夢粱錄二十卷四冊  清鈔本；入史部地理類雜記　宋‧吳自牧撰
第四十册
　穆天子傳 六冊四卷  清道光間陳氏稿本　晉‧郭璞註/清‧陳逢衡補正
　老子鬳齋口義 二卷二冊  元刊本　宋‧林希逸撰
　沖虛至德真經 八卷四冊  元刊本　周‧列禦寇撰/晉‧張湛註
第四十一册
　周易參同契發揮三卷釋疑一卷三冊  明鄭本立刊本　元‧俞琰撰
　文始真經註九卷二冊  明刊本
　黃帝陰符經講義四卷一冊  明鈔配補清四庫館臣鈔本　宋‧夏元鼎撰
　靈言蠡勺二卷二冊  明崇禎間刊天學初函本　明‧華方濟口授/徐光啟錄
　口鐸日鈔六卷六冊  明崇禎間刊清印本　明‧思及艾口鐸/張賡等訂正